Malargüe posee cinco ríos:

• Río Atuel (límite con San Rafael),

• Río Grande (el más extenso y caudaloso de la provincia),

• Río Barrancas (límite con Neuquén),

• Río Malargüe (abastece de agua a la ciudad y a la laguna de Llancanelo )

• Río Salado (que atraviesa el Valle de Las Leñas ).

Además, cuenta con el mayor espejo de agua de Mendoza: Laguna de Llancanelo , uno de los polos de interés biológicos y turísticos de la provincia, al igual que la laguna de Valle Hermoso.